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Atelier de méta-génomique avec Amadea Biopack à Gen2Bio
Présentation une nouvelle application bio-informatique d'Amadea Biopack
31 mars 2009 - La Baule - Palais des congrès Atlantia
A l'occasion des rencontres Biotech Gen2Bio à La Baule, la plate-forme GenOuest et ISoft présenteront un nouvel exemple d'application de la plate-forme Amadea Biopack à des problématiques de recherche en méta-génomique, dans le cadre d'une coopération visant à intégrer les différents types de données et outils disponibles dans les plate-formes d'Ouest Genopole.
ISoft est impliqué depuis plus de 15 ans dans de nombreux projets de recherche nécessitant une importante expertise dans les domaines de l'analyse de données et l'intégration de données hétérogènes et volumineuses. Avec la plate-forme Amadea Biopack, l'accès par un bio-analyste à l'ensemble des données disponibles dans la communauté biologique, ainsi qu'au différents outils et résultats expérimentaux est devenu très simple: ISoft utilise régulièrement cette technologie dans le cadre de projets de recherche bio-informatique (transcriptomique, génomique, éléments régulateurs, analyse d'articles, ...). A l'occasion de Gen2Bio, un exemple de processus d'analyse intégrant des données génomiques, taxonomiques et les différentes bases de données bio-informatiques sera présenté, afin de servir de base à l'atelier GenOuest - ISoft de 9h50 en salle 2.
Problématique l'application démontrée
Données :
Résultats d'expériences méta-génomiques de séquençage à haut débit
But :
Y rechercher des séquences de champignons, et des statistiques sur les espèces
Principe du processus
- Connexion aux données de séquençage à haut débit
- Blast contre les génomes de champignons
- Regroupement des hits voisins
- Comptage du nombre de groupes de hits par espèce / famille d'espèces en utilisant la base Taxonomy
- Sélection des gènes uniquement de champignons
- Sélection des hits situés dans un gène et recherche des homologues dans la base Uniref
- Utilisation de la base Taxonomy pour ne garder que les séquences spécifiques de champignons
- Identification de la famille dans laquelle le plus de séquences géniques ont été identifiées
- Lien avec une table d'informations sur les phénotypes des champignons pour identifier les champignons Marins
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